一個(gè)基因表達(dá)終結(jié)果是產(chǎn)生相應(yīng)的蛋白質(zhì)（或酶）。因此檢測(cè)蛋白質(zhì)是測(cè)定基因表達(dá)的主要標(biāo)志，檢測(cè)蛋白質(zhì)的方法很多，除ELISA法外，也可用與檢測(cè)DNA和RNA相類似的吸印方法。前兩法有“南”和“北”之意，故本法遂被延伸稱為Western（西）印跡法，該法能用SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳分辨出與專一抗血清結(jié)合的專一性蛋白質(zhì)。將聚丙烯酰胺凝膠上分辨出的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜上并與一抗共孵。一抗專一地與待分離蛋自質(zhì)的抗原決定簇結(jié)合，然后用另一種蛋自質(zhì)，如135I-蛋白A或辣根過(guò)氧化物酶連接的山羊抗IgG檢測(cè)已結(jié)合上去的抗體。本法所需時(shí)間6小時(shí)或過(guò)夜。 蛋白質(zhì)的聚丙烯酰胺凝膠電泳 幾乎所有蛋白質(zhì)電泳分析都在聚丙烯酰胺凝膠上進(jìn)行，而所用條件總要確保蛋白質(zhì)解離成單個(gè)多肽亞基并盡可能減少其相互間的聚集。常用的方法是將強(qiáng)陰離子去污劑SDS與某一還原劑并用，并通過(guò)加熱使蛋白質(zhì)解離后再加樣于電泳凝膠上。變性的多肽與SDS結(jié)合并因此而帶負(fù)電荷，由于多肽結(jié)合SDS的量幾乎總是與多肽的分子量成正比而與其序列無(wú)關(guān)，因此SDS多肽復(fù)合物在聚丙烯酰凝膠電泳中的遷移只與多肽的大小相關(guān)。在達(dá)到飽和的狀態(tài)下，每克多肽約可結(jié)合1.4克去污劑，借助已知分子量的標(biāo)準(zhǔn)參照物，則可測(cè)算出多肽鏈的分子量。 SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳大多在不連續(xù)緩沖系統(tǒng)中進(jìn)行，其電泳槽緩沖液的pH值與離子強(qiáng)度不同于配膠緩沖液，當(dāng)兩電極間接通電流后，凝膠中形成移動(dòng)界面，并帶動(dòng)加入凝膠的樣品中所含的SDS多肽復(fù)合物向前推進(jìn)。樣品通過(guò)高度多孔性的積層膠后，復(fù)合物在分離膠表面聚集成一條很薄的區(qū)帶（或稱積層）。曲于不連續(xù)緩沖系統(tǒng)具有把樣品中的復(fù)合物全部濃縮于極小體積的能力，故大大提高了SDS聚丙烯酰胺凝膠的分辨率。 廣泛使用的不連續(xù)緩沖系統(tǒng)早是由Ornsstein（1964）和Davis（1964）設(shè)計(jì)的，樣品和積層膠中含Tris-Cl（pH6.8），上下槽緩沖液含Tris-甘氨酸（pH8.3），分離膠中含Tris-Cl（pH8.8）的。系統(tǒng)中所有組分都含有0.1％的SDS（Laemmli, 1970），樣品和積層膠中的氯離干形成移動(dòng)界面的先導(dǎo)邊界而甘氨酸分子則組成尾隨邊界，在移動(dòng)界面的兩邊界之間是一電導(dǎo)較低而電位滴度較陡的區(qū)域，它推動(dòng)樣品中的多肽前移并在分離膠前沿積聚，此處pH值較高，有利于甘氨酸的離子化，所形成的甘氨酸離子穿過(guò)堆集的多肽并緊隨氯離子之后，沿分離膠泳動(dòng)。從移動(dòng)界面中解脫后，SDS多肽復(fù)合物成一電位和pH值均勻的區(qū)帶泳動(dòng)穿過(guò)分離膠，并被篩分而依各自的大小得到分離。